Tuyến kênh này là một trong những điểm nóng về ô nhiễm môi trường. Năm 2007, UBND TP.HCM phê duyệt dự án cải tạo với tổng vốn đầu tư 307 tỉ đồng. Hai năm sau, dự án phát sinh thêm hạng mục hồ sinh học, trạm bơm xử lý ô nhiễm… nên tổng kinh phí được nâng lên 744 tỉ đồng. Dự án này do Trung tâm điều hành chương trình chống ngập nước TP.HCM làm chủ đầu tư, nay sáp nhập thành Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng hạ tầng đô thị.
Thanh tra TP.HCM xác định trong quá trình thực hiện dự án, chủ đầu tư và các đơn vị tư vấn đã có vi phạm trong nhiều khâu từ lập, thẩm định phê duyệt dự toán, điều chỉnh dự án, bản vẽ thiết kế cơ sở, công tác đấu thầu, lựa chọn nhà thầu, nghiệm thu, thanh toán. Các vi phạm này dẫn đến dự án kéo dài, ảnh hưởng đến tính cấp bách, hiệu quả của dự án, gây lãng phí và không đạt được mục tiêu xử lý ô nhiễm nước thải và cải thiện môi trường đặt ra từ đầu.
Về các vi phạm cụ thể, chủ đầu tư trình hồ sơ điều chỉnh dự án nhưng đánh giá không đúng thực tế mức độ ô nhiễm của nước kênh, bỏ qua các ý kiến của Sở GTVT dẫn đến thiết kế áp dụng không phù hợp, công nghệ xử lý nước thải không đáp ứng được mục tiêu đề ra. Do vậy, trạm xử lý nước thải vẫn chưa thể vận hành, gây lãng phí, không hiệu quả về kinh tế xã hội. Trong khi đó, hồ sinh học cũng không phát huy tác dụng xử lý ô nhiễm nguồn nước, không có hệ thống chắn rác, vớt rác, bùn, thu gom rác từ đầu nguồn Bình Dương.
Thanh tra TP.HCM cũng chỉ ra sai sót khi phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công và dự toán 7 gói thầu, vi phạm về áp dụng mã hiệu định mức, đơn giá vật liệu, cự ly vận chuyển, khối lượng… làm tăng giá trị dự toán hơn 11,3 tỉ đồng.
Ngoài ra, Thanh tra TP.HCM cũng điểm mặt hàng loạt vi phạm của các đơn vị tư vấn. Cụ thể, chi nhánh Công ty CP Thiết kế và xây dựng Hà Nội có sai sót trong việc tư vấn lập hồ sơ điều chỉnh dự án và thiết kế, đánh giá không đúng thực tế mức độ ô nhiễm của nước kênh Ba Bò. Ðơn vị tư vấn này phải chịu chung trách nhiệm với chủ đầu tư về hậu quả hệ thống xử lý nước thải hiện không hiệu quả.
Trước các vi phạm trên, lãnh đạo UBND TP.HCM yêu tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo thẩm quyền đối với tổ chức, cá nhân có thiếu sót, vi phạm như đã nêu. Bên cạnh đó, chủ đầu tư phải thuê đơn vị tư vấn để xây dựng phương án khắc phục, lấy ý kiến cơ quan chuyên môn để đưa dự án vào vận hành theo mục tiêu đã duyệt, chú ý những tồn tại của hệ thống xử lý nước thải. Trong trường hợp không khắc phục được thiệt hại thì chuyển vụ việc sang cơ quan điều tra thụ lý làm rõ theo quy định. Chủ đầu tư cũng có trách nhiệm sớm thu hồi gần 750 triệu đồng nộp ngân sách khoản chi sai quy định về xây dựng cơ bản tại các gói thầu số 2, 6 và rà phá bom mìn.