Theo báo cáo của Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Khánh Hòa, sau khi tiến hành điều tra tại quán cơm gà Trâm Anh xác định bữa ăn nguyên nhân gây ra vụ ngộ độc là các bữa ăn trưa, chiều ngày 11 và 12-3 do vi sinh vật (Salmonella spp, Bacillus cereus, Staphylococcus aureus) gây ra.
Do quán ăn bán ăn tại chỗ và bán mang về, không in phiếu thu/biên lai tính tiền nên chủ cơ sở không thống kê được số lượng người đã mua và sử dụng thức ăn do quán chế biến trong 2 ngày.
Kết quả phân tích tỉ lệ tấn công các món ăn trong bữa ăn nguyên nhân vụ ngộ độc cho thấy tỉ lệ tấn công các món ăn tương đối bằng nhau. Sự chênh lệch tỉ lệ tấn công giữa người ăn và không ăn các món trong bữa ăn trưa, chiều 11, 12-3 không cao.
Vì các món ăn trên khay thức ăn có thể nhiễm chéo lẫn nhau. Mặt khác, cơ sở không thực hiện việc lưu mẫu thức ăn nên đoàn điều tra không lấy mẫu được từng món ăn riêng biệt của bữa ăn gây ngộ độc.
Đối với mẫu cơm gà còn lại của bệnh nhân cung cấp để đoàn điều tra gửi mẫu xét nghiệm, các món ăn được để chung trong hộp cơm gà nên cũng có thể xảy ra tình trạng nhiễm chéo giữa các món ăn.
Do đó không đủ cơ sở khoa học để xác định cụ thể thức ăn nào là thức ăn nguyên nhân; chỉ có thể nhận định: thức ăn nguyên nhân là cơm gà (gồm các món: cơm, gà xé, gà nướng, mắm, xốt trứng, rau dưa chua, hành phi, xúp canh).
Ngoài ra kết quả điều tra cho thấy có đến 228 người (chiếm tỉ lệ 81,43%) có thời gian ủ bệnh từ 6 – 24 giờ; 27 người (chiếm tỉ lệ 9,64%) có thời gian ủ bệnh trên 24 giờ; có thể nhận định các ca ngộ độc thực phẩm liên quan đến vi sinh vật, không phải do hóa chất hay độc tố tự nhiên.