Trong giới nghiên cứu lịch sử từ xưa tới nay, không ít quan điểm coi triều Mạc (1527-1592) là ngụy triều, bởi cho rằng nhà Mạc cướp ngôi nhà Lê. Tuy nhiên, tất cả đều không thể phủ nhận những thành tựu mà nhà Mạc đã làm được cho đất nước. Trong gần như trọn vẹn thế kỷ XVI, nhà Mạc đã lấy vùng Đông Bắc làm căn cứ quân sự quan trọng. Bởi vậy, không có gì lạ vùng đất Quảng Ninh ngày nay là nơi còn lưu lại nhiều dấu ấn lịch sử, văn hoá của triều Mạc.
Một trong những địa danh được biết đến rộng rãi ở Quảng Ninh đó là Đầm Nhà Mạc, nhất là từ khi khu công nghiệp Đầm Nhà Mạc được triển khai. Theo các tư liệu gia phả nhà Mạc thì đầm bãi nhà Mạc thuộc thị xã Quảng Yên ngày nay do Ninh Vương Mạc Phúc Tư (1524 -1593), con thứ hai của Mạc Đăng Doanh đã khoanh vùng trồng cây ngập mặn, vừa bảo vệ đất đai, vừa làm nơi giấu quân. Về sau có tên gọi như vậy.
Có ý kiến cho rằng, sau khi bị quân Lê – Trịnh đánh mạnh, do vùng Đồ Sơn, Nghi Dương (Hải Phòng) trở thành bãi chiến trường, nhiều người dân đã phải chạy loạn, họ di dời ra vùng biển Vạn Ninh làm nghề chài lưới, sau đó hình thành nên các làng Trà Cổ (Móng Cái), Vạn Vĩ, Sơn Tâm (thuộc Đông Hưng, Quảng Tây, Trung Quốc) như ngày nay. Dân chài từ Cổ Trai – quê hương nhà Mạc ở Đồ Sơn tới Trà Cổ sinh sống, lập nên làng đặt tên là Trà Cổ có ý ghép từ hai làng Cổ Trai và Trà Hương là quê của Thái tổ Mạc Đăng Dung và vợ ông. Đình Trà Cổ được cho là xây dựng giữa thế kỷ XVI, ngày nay được ví như “cột mốc văn hoá nơi địa đầu Tổ quốc”.
Cuối thế kỷ XVI, sau khi bị đánh bại ở Thăng Long, con cháu nhà Mạc là Mạc Kính Chỉ, Mạc Kính Chương, Mạc Kính Cung đã kéo nhau ra giữ An Quảng (Quảng Ninh ngày nay), xây dựng lực lượng chống lại nhà Trịnh. Quân Mạc cho xây dựng một loạt thành luỹ ở Động Linh, Khoái Lạc (thị xã Quảng Yên), Xích Thổ (thành phố Hạ Long), Cẩm Phả và Vạn Ninh (thành phố Móng Cái). Trong số các thành luỹ trên, duy nhất chỉ còn thành Xích Thổ là tới nay còn tương đối rõ dấu vết. Thành Cẩm Phả khoảng năm 1997 vẫn còn dấu vết một đoạn tường ở gần Nhà máy Cơ khí Trung tâm Cẩm Phả, nhưng đến nay thì đã mất hẳn. Một nguyên nhân khách quan đó là hầu hết các thành nhà Mạc ở Quảng Ninh được đắp bằng đất, thay vì xây bằng đá trên núi như ở Cao Bằng, Lạng Sơn nên chịu sự tác động của thiên nhiên, càng nhanh bị mất dấu tích theo thời gian.
Có ý kiến cho rằng, Ninh Vương Mạc Phúc Tư chính là người cho dựng vườn Thiên Long uyển ở làng Yên Khánh, xã Yên Đức, thị xã Đông Triều ngày nay, chứ không phải có từ thời Trần như nhiều suy đoán. Tới nay, tại núi đá ở thôn Yên Khánh vẫn còn đó 3 chữ Hán “Thiên Long uyển” khắc trên vách đá.
Trong những năm qua, khi tiến hành điều tra khảo sát hệ thống thương cảng Vân Đồn tại các bến bãi cổ ven biển từ Móng Cái về Quảng Yên, các nhà khảo cổ đã phát hiện nhiều đồ gốm, nhất là gốm sành, tiền có niên đại thời Mạc. So với đồ gốm sành thời Trần thường to, dày thì gốm sành thời Mạc mỏng hơn, độ nung cao hơn. Thời nhà Mạc, bằng những con đường chính thức và phi chính thức, nhà Mạc đã thúc đẩy và tạo điều kiện cho Phật giáo phát triển hưng thịnh. Tại một số nơi như chùa Quỳnh Lâm, tháp mộ sư phía sau chùa Hoa Yên, Yên Tử ngày nay còn có dấu vết trùng tu của thời Mạc với các mảng kiến trúc trang trí hoa văn lá đề, men xanh lục đặc trưng giai đoạn nhà Mạc đang thịnh trị.
Tại chùa Mỹ Cụ (phường Hưng Đạo, thị xã Đông Triều) ngày nay còn một số pho tượng Phật bằng đất sét rất đẹp. Các pho tượng có dáng vẻ, kích thước cân đối, hài hòa, phía bên ngoài tượng đều được phủ một lớp sơn son thiếp vàng. Theo phó giáo sư Trần Lâm Biền, một chuyên gia nghiên cứu về mỹ thuật dân gian, thì các pho tượng này có niên đại thời Mạc. Đây là ngôi chùa duy nhất của Quảng Ninh có các pho tượng bằng đất sét thời Mạc như thế.
