Theo đó, thời gian hoàn thành vào năm 2027; tổng mức đầu tư dự án được điều chỉnh lên hơn 34.826 tỷ đồng, tăng thêm 1.916 tỷ đồng so với quyết định được phê duyệt vào năm 2013.
Trong đó, chi phí xây dựng tăng từ hơn 11.489 tỷ đồng lên hơn 13.800 tỷ đồng; chi phí thiết bị tăng từ hơn 9.350 tỷ đồng lên hơn 12.554 tỷ đồng; chi phí bồi thường, hỗ trợ và tái định cư (bao gồm cả di chuyển công trình ngầm nổi) tăng từ 974 tỷ đồng lên hơn 1.356 tỷ đồng; chi phí tư vấn đầu tư xây dựng điều chỉnh từ gần 1.800 tỷ đồng lên hơn 3.357 tỷ đồng.
Riêng hạng mục chi phí khác điều chỉnh giảm từ hơn 3.534 tỷ đồng xuống hơn 2.000 tỷ đồng; chi phí dự phòng giảm từ hơn 5.384 tỷ đồng xuống 1.328 tỷ đồng.
Nguyên nhân làm tăng tổng mức đầu tư của dự án là do biến động của tỷ giá quy đổi trong quá trình thanh toán khối lượng thực hiện; do điều chỉnh khối lượng công việc hợp đồng; chậm trễ tiến độ khiến thời gian hợp đồng phải gia hạn và bổ sung chi phí; bổ sung các công việc còn thiếu do không lường trước; thay đổi chế độ, chính sách (tỷ lệ dự phòng, thuế) và các quy định của Nhà nước liên quan đến việc xác định, quản lý chi phí (điều chỉnh chi phí giải phóng mặt bằng, bảo hiểm…).
Về lý do phải gia hạn thời gian thực hiện, UBND thành phố Hà Nội nêu ra 4 nguyên nhân chủ quan, gồm chỉ đạo, quản lý, điều hành của các cấp ngành thành phố chưa quyết liệt; chậm trễ, vướng mắc trong giải phóng mặt bằng và di dời hạ tầng kỹ thuật; năng lực triển khai của chủ đầu tư và sự phối hợp giữa tư vấn, chủ đầu tư, các sở, ngành thành phố còn nhiều hạn chế; năng lực Tổng công ty xây dựng Hà Nội (Hancorp) là nhà thầu thực hiện gói thầu CP05 – Công trình kiến trúc depot hạn chế.
Bên cạnh đó, 5 lý do khách quan khiến thời gian thực hiện dự án kéo dài cũng được đề cập, gồm vướng mắc liên quan đến sự khác biệt giữa quy định của hợp đồng FIDIC và pháp luật Việt Nam hiện hành; quy định về giao kế hoạch vốn ODA của Việt Nam và quy định của nhà tài trợ; vướng mắc liên quan đến quy chuẩn, tiêu chuẩn, định mức, đơn giá, giá vật tư, thiết bị chuyên ngành đường sắt đô thị; cơ chế, chính sách và quy định giải phóng mặt bằng phức tạp và ảnh hưởng của đại dịch Covid-19.
