VQG Bái Tử Long có diện tích 15.783ha, trong đó có 9.658ha mặt nước biển. Nơi đây tập trung các hệ sinh thái (HST) đặc trưng, như HST rạn san hô, HST thảm cỏ biển, HST vùng triều, HST tùng áng, HST rừng ngập mặn. Trong đó, HST tùng áng được Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á (ASEAN) đánh giá là “độc đáo nhất” trên quy mô khu vực, chỉ VQG Bái Tử Long mới có. Theo kết quả điều tra của Viện Tài nguyên và Môi trường biển, VQG Bái Tử Long hiện có 1.220 loài sinh vật biển, trong đó 33 loài nằm trong sách Đỏ như cá heo không vây, vích, đồi mồi, hải sâm…
Năm 2015, triển khai Dự án “Đầu tư trang thiết bị nhằm nâng cao năng lực nghiên cứu khoa học tại VQG Bái Tử Long”, Vườn được đầu tư, trang sắm nhiều thiết bị hiện đại, bao gồm thiết bị lặn, máy đo chất lượng môi trường nước biển. Các cán bộ của vườn cũng được tham gia các lớp tập huấn nâng cao trình độ chuyên môn, kỹ năng lặn, sử dụng thiết bị, xây dựng báo cáo chuyên đề… Năm 2024, VQG Bái Tử Long được duyệt định mức để trang sắm thêm 6 xuồng máy phục vụ hoạt động bảo vệ, nghiên cứu HST biển.
Nhờ sự quan tâm, đầu tư của tỉnh, công tác bảo vệ đa dạng sinh học nói chung và đặc biệt là đa dạng sinh học biển nói riêng tại VQG Bái Tử Long đạt hiệu quả cao. Ngày càng có nhiều chuyến nghiên cứu, khảo sát, đánh giá thực trạng môi trường, sinh vật biển được tiến hành, theo dõi sát sao các biến động về môi trường biển tại đây. Trung bình mỗi năm, cán bộ của VQG tiến hành 15 chuyến đi khảo sát, điều tra đa dạng sinh học. Năm 2024, dự kiến triển khai 29 cuộc điều tra, khảo sát.
Anh Trần Hoài Nam, cán bộ nghiên cứu Phòng Bảo tồn Biển và Đất ngập nước, cho biết: Những năm qua, nhờ làm tốt công tác bảo vệ, bảo tồn đa dạng sinh học, các HST biển tại VQG duy trì ổn định, phát triển bền vững. Cụ thể: Độ phủ của san hô cơ bản vẫn được giữ nguyên và có sự tăng lên hàng năm, chất lượng nước đảm bảo phù hợp với điều kiện phát triển của các loài thủy sinh vật. Với đặc thù HST rạn san hô gần mặt nước, đa dạng về loài, nhiều vùng san hô trong VQG Bái Tử Long rất phù hợp để phát triển loại hình du lịch lặn biển, ngắm san hô sử dụng ống thở (snorkering). Hiện Ban Quản lý VQG Bái Tử Long đã xác định được một số địa điểm có thể phát triển hoạt động du lịch này”.
Tuy phần diện tích mặt nước của VQG Bái Tử Long chiếm hơn 60% diện tích của vườn, là kho dự trữ đa dạng sinh học độc đáo, song hoạt động quản lý phần diện tích này lại đang thiếu cơ sở pháp lý hướng dẫn. Ông Phạm Quốc Việt, Trưởng Phòng Khoa học và Hợp tác Quốc tế, Ban Quản lý VQG Bái Tử Long, chia sẻ: “Bái Tử Long là một trong 7 VQG vừa có diện tích đất liền, vừa có diện tích biển của Việt Nam. Ban Quản lý VQG đang căn cứ các cơ sở là Luật Lâm nghiệp 2017, Luật Đa dạng sinh học 2018 và một số Luật khác có liên quan để quản lý, xử lý các vụ việc phát sinh trên phần diện tích đảo và đất liền. Tuy nhiên, vì phần diện tích biển chưa được công nhận là Khu bảo tồn biển nên đơn vị chưa có căn cứ để áp dụng các luật liên quan như Luật Thủy sản 2017 trong quá trình xử lý các vụ việc và tình huống phát sinh”.
“Quyết định 389/QĐ-TTg ngày 9-5-2024 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Quy hoạch bảo vệ và khai thác nguồn lợi thủy sản thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050, xếp Khu bảo tồn biển Bái Tử Long vào Danh mục Khu bảo tồn biển thời kỳ 2021-2030. Dựa trên cơ sở này, Ban Quản lý VQG Bái Tử Long sẽ tiến hành tham vấn chuyên gia của Bộ NN&PTNT thống nhất các nội dung, trình UBND tỉnh Quảng Ninh xem xét để lập hồ sơ công nhận VQG Bái Tử Long là Khu bảo tồn biển quốc gia” – ông Việt cho biết thêm.
Khi được công nhận là Khu bảo tồn biển, nút thắt về quản lý của VQG Bái Tử Long sẽ được tháo gỡ và tạo cơ sở để đơn vị khoanh vùng, xây dựng các phân khu, mở cánh cửa khai thác các hoạt động du lịch tại phần diện tích mặt nước do VQG quản lý. Với diện tích mặt biển, Ban Quản lý VQG Bái Tử Long đang đề xuất 3 tuyến du lịch mới và một điểm đỗ nghỉ đêm cho tàu du lịch.