Theo đó, về quản lý và sử dụng phí, Thông tư số 65 chỉ rõ, tổ chức thu phí được trích lại 70% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí theo quy định tại điều 5 Nghị định 120/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật Phí và lệ phí; nộp 30% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước (NSNN) theo chương, tiểu mục tương ứng của mục lục NSNN.
Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước không thuộc diện được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định thì nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào NSNN. Nguồn chi phí trang trải cho hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí do NSNN bố trí trong dự toán của tổ chức thu phí theo chế độ, định mức chi NSNN.
Người nộp phí thực hiện nộp phí khi nhận thông báo nghĩa vụ tài chính từ cơ quan có thẩm quyền cung cấp dữ liệu về môi trường. Chậm nhất là ngày 5 hằng tháng, tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được của tháng trước vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước. Tổ chức thu phí thực hiện kê khai, thu, nộp và quyết toán phí theo quy định tại Thông tư số 74/2022 của Bộ Tài chính.
