Riêng với hệ đào tạo THCS, trường đang giữ vị trí số 1 trong các trường công lập ở TP.HCM. Trong đó, một yếu tố mà ít trường THCS ở TP.HCM có được, đó là học sinh THCS được thụ hưởng các điều kiện dạy và học của một trường THPT chuyên.
Các em được “đắm mình” trong môi trường tinh hoa từ không gian, cơ sở vật chất cho đến văn hóa nhà trường, phương pháp giảng dạy tích cực của giáo viên, truyền thống hiếu học của học sinh trường chuyên…
Nếu như trước đây Trường Trần Đại Nghĩa chỉ chú trọng về mặt học thuật thì những năm sau này trường đã cải tiến theo hướng hội nhập quốc tế. Không chỉ là phát hiện, bồi dưỡng học sinh giỏi mà còn tăng cường rèn luyện kỹ năng mềm, tăng tiết môn thể dục tự chọn, dạy học sinh phương pháp nghiên cứu khoa học, tổ chức cho các em giao lưu với các học sinh trong nước và nước ngoài…
Đây cũng là lý do mà hầu hết học sinh THCS Trường Trần Đại Nghĩa đều năng động, sáng tạo, thi đậu vào lớp 10 ở các trường lớp chuyên hoặc trường THPT tốp đầu của thành phố.
Với đặc điểm như trên, Trường chuyên Trần Đại Nghĩa được nhiều phụ huynh đặt niềm tin, mong muốn cho con em mình vào học cũng là điều dễ hiểu. Thực tế cho thấy vẫn có những em phải luyện thi từ lớp 2 mới có thể thi đậu vào lớp 6 Trường Trần Đại Nghĩa.
Mấy năm gần đây vẫn có khá nhiều học sinh không luyện thi vẫn thi đậu vào lớp 6 trường này. Vì không phải là ngôi trường luyện “gà chọi” nên học sinh Trần Đại Nghĩa học hành nhẹ nhàng, thoải mái, nhiều em không cần phải học thêm.
Mới đây UBND TP.HCM đã thông qua phương án tách Trường chuyên Trần Đại Nghĩa thành hai trường (Tuổi Trẻ ngày 22-3). Đó là Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa tiếp tục tổ chức, hoạt động theo quy chế trường chuyên và Trường THCS-THPT Trần Đại Nghĩa tổ chức, hoạt động theo quy định tại điều lệ trường THCS, THPT và trường phổ thông có nhiều cấp học.
Cũng có ý kiến bày tỏ sự lo lắng rằng khi tách trường, mọi nguồn lực đều phải chia đôi, liệu hai trường mới có còn giữ được chất lượng đào tạo như xưa? Đây là câu hỏi nhưng cũng là thách thức đối với các nhà quản lý giáo dục ở TP.HCM.