Cách nay vài ngàn năm, phần lớn Sài Gòn nằm dưới biển. Do bồi đắp phù sa và mực nước biển hạ dần, vùng đầm lầy cửa sông ngày càng mở rộng, tiến dần về biển. Với tốc độ phù sa được bồi đắp vài trăm mét mỗi năm, một số vùng nội địa không còn được nước ngọt rửa mặn, mà ngược lại bị nhiễm phèn. Một phần khu vực Kiên Giang – Cà Mau – Bạc Liêu và Đồng Tháp – Long An ngày nay vẫn là những vùng nhiễm phèn rộng lớn không thuận lợi cho nông nghiệp.
Sài Gòn là tâm điểm của lưu vực sông Đồng Nai và sông Sài Gòn. Trong toàn bộ các cửa biển ở Nam Bộ, chỉ cửa Cần Giờ vào Sài Gòn có đủ điều kiện cho tàu biển ra vào: cửa sông rộng không bị phù sa bồi đắp thay đổi dòng chảy và không có doi cát ngầm, vịnh biển có Vũng Tàu che chắn bão gió, có đường sông sâu yên ả dẫn từ cửa sông đến thành phố v.v.
Người Khmer xây dựng thành phố tại khu gò Cây Mai (Vat Prey Nokor) tức Chợ Lớn ngày nay, có địa hình cao và có nước ngọt. Năm 1698, năm chúa Nguyễn thiết lập dinh Điều Khiển, được các sử gia Việt chọn là năm thành lập thành phố Sài Gòn – Hồ Chí Minh. Dinh Điều Khiển nằm tại khu vực chợ Nguyễn Thái Bình ngày nay.
Năm 1790, Nguyễn Ánh xây thành Quy tại phía đông của dinh Điều Khiển cũ và sát ra sông Sài Gòn. 
Bản đồ 1911 cho thấy 3 vùng đất cao tương ứng với khu vực ngày nay là trung tâm Q1 và Q3; khu vực đồn Cây Mai (Chợ Lớn); khu vực Gò Vấp. Các khu vực còn lại trũng thấp và nhiều rạch tự nhiên.
Lũ muỗi và làn hơi hôi thối của vùng lầy trũng là lý do buộc người ta phải san lấp các rạch nhỏ, những vùng đất thấp và vùng đầm lầy, để tạo ra các vùng đất cư trú được. Việc đào kênh và san lấp kéo dài từ lúc Thành phố hình thành cho tới hiện nay, gắn liền với sự phát triển không gian đô thị của Thành phố.
Các con kênh bị san lấp ở Sài Gòn năm 1878 (nguồn: Cefurds)
Tranh khắc gỗ năm 1881 cho thấy khu Q4 (bên kia rạch Bến Nghé) và Bình Thạnh (bên kia rạch Thị Nghè) vẫn là đất thấp có nhiều rạch tự nhiên với thực vật giống vùng Nhà Bè-Cần Giờ hoặc Thủ Thiêm (Quận 2) ngày nay.
Trên bản đồ năm 1923, khu vực ven đường Trần Hưng Đạo ngày nay (từ Quận 1 đi Quận 5) vẫn còn là vùng lầy trũng.
Trích bản đồ năm 1923 cho thấy các con kênh mà ngày nay là đường Hải Thượng Lãn Ông, Châu Văn Liêm, Vạn Kiếp, Vạn Tượng, Lê Quang Sung…
200 NĂM PHÁT TRIỂN THEO HƯỚNG ĐÔNG TÂY
Bản đồ năm 1816 (Trần Văn Học) cho thấy khu vực đô thị Sài Gòn Xứ (ngày nay là Chợ Lớn) và Bến Nghé (nay là Q1 và Q3).
Sài Gòn-Chợ Lớn giai đoạn từ năm 1816 – đến thập niên 1870
Bản đồ năm 1882
Sài Gòn-Chợ Lớn những năm thập niên 1880
Khu vực đô thị Sài Gòn Xứ (sau là Chợ Lớn) mở rộng thêm không đáng kể về phía Bến Nghé (sau là Sài Gòn). Khu vực Bến Nghé mở rộng về phía Tây Bắc và Tây Nam như dự tính theo bản quy hoạch 1862 của Coffyn.
Bản đồ Sài Gòn năm 1893
Bản đồ Chợ Lớn năm 1893
Sài Gòn – Chợ Lớn thập niên 1890
Sài Gòn xuất hiện thêm phần cảng biển (phần Q4 ven sông Sài Gòn) và mở rộng khu vực Q3 ngày nay (san lấp một số rạch tự nhiên). Khu vực Chợ Lớn gia tăng đáng kể với khu cảng-kho dọc kênh Đôi (Q8) và phình rộng khu dân cư quanh Chợ Lớn (Q5).
Bản đồ Sài Gòn – Chợ Lớn năm 1923
Sài Gòn – Chợ Lớn giai đoạn 1923-1926
Sài Gòn và Chợ Lớn chính thức nối liền với nhau (chỗ mối nối là khu trại lính Ô Ma – ngày nay là khu vực Bộ Công An).
Bản đồ Sài Gòn-Chợ Lớn 1945
Sài Gòn – Chợ Lớn thập niên 1940
Sài Gòn và Chợ Lớn ôm chặt và hòa vào nhau. Phía Bắc là các trại lính, kho bãi và sân bay, chưa nhập vào phạm vi Thành phố. Sân bay Tân Sơn Nhất lúc này là sân bay dân sự, đường băng hướng Bắc-Nam, với hoạt động mang tính trình diễn chủ yếu.
Bản đồ Sài Gòn-Chợ Lớn năm 1955
Sài Gòn – Chợ Lớn giai đoạn 1945-1958
Thành phố mở rộng về phía Bắc (hướng các trại lính và sân bay). Năm 1945, người Nhật xây đường băng Đông Tây phục vụ quân sự.
Bản đồ Sài Gòn năm 1968-1969
Sài Gòn – Chợ Lớn sau 1958 – trước 1975
Thành phố mở rộng về phía Bắc (hướng các trại lính và sân bay).
Bản đồ Thành phố Hồ Chí Minh 2005
Thành phố loang rộng từ trung tâm và bắt đầu tiến xuống phía Nam.
Trong ảnh cho thấy, phần đô thị của TPHCM bắt đầu phát triển hướng Nam, nhưng hướng Bắc-Tây Bắc vẫn chưa thể phát triển.
Từ 1790 tới 1920s là quá trình phát triển về hai hướng: hướng Đông nối kết quốc gia, hướng Tây nối với đồng bằng sông Cửu Long.
Thời kỳ sau đó (chiến tranh và hòa bình xây dựng đất nước) tới nay: là quá trình Sài Gòn và Chợ Lớn kết hợp, cân băng và bổ sung cho nhau.
Bản đồ năm 1895
- Đường sắt Sài Gòn Mỹ Tho
- Đường sắt Sài Gòn-Gò Vấp
- Xe điện Hòa Hưng-Chợ Lớn (chở hàng)
- Xe điện Sài Gòn-Chợ Lớn (dọc kênh Tàu Hũ)
(hoàn tất vào 1880s). Chủ yếu để nối kết Sài Gòn-Chợ Lớn và với đồng bằng song Cửu Long.
(nguồn bản đồ – flickr manhhai)
