Trước đây, chăn nuôi trên địa bàn tỉnh chủ yếu theo quy mô nông hộ; việc áp dụng chăn nuôi an toàn sinh học, công nghệ cao, chăn nuôi gắn với sơ chế, chế biến và tiêu thụ sản phẩm hạn chế. Cùng với đó, tập quán chăn nuôi thả rông của người dân, khi bùng phát dịch bệnh rất khó kiểm soát; việc tổ chức giám sát dịch bệnh trên đàn gia súc, gia cầm ở một số địa phương có lúc, có nơi còn lơ là, chưa kịp thời. Vẫn còn tình trạng một số hộ chăn nuôi giấu dịch, không chủ động khai báo dịch bệnh theo quy định. Vì vậy, một số dịch bệnh nguy hiểm trên đàn vật nuôi vẫn còn xảy ra ở một số địa bàn và có nguy cơ lây lan cao. Ðơn cử như dịch tả lợn châu Phi, theo thống kê của Chi cục Chăn nuôi, Thú y và Thủy sản tỉnh, từ đầu năm đến hết tháng 9/2023, dịch tả lợn châu Phi đã xảy ra tại 32 hộ chăn nuôi lợn ở 19 thôn, bản thuộc 6 huyện, thành phố; tổng trọng lượng lợn phải tiêu hủy 20.873kg.
Ðể phát triển chăn nuôi theo hướng sản xuất hàng hóa gắn với công tác phòng, chống dịch bệnh, ngành Nông nghiệp tỉnh chỉ đạo, khuyến cáo, hướng dẫn các địa phương, hộ chăn nuôi bên cạnh việc phát triển, tăng đàn cần chú trọng bảo đảm an toàn dịch bệnh. Trước khi thực hiện tái đàn, tăng quy mô chăn nuôi, người chăn nuôi cần tìm hiểu thông tin về dự báo và diễn biến thị trường, lượng cung cầu, thị trường tiêu thụ sản phẩm để đầu tư cho phù hợp; không tái đàn ồ ạt, nhất là tại các cơ sở chăn nuôi và vùng đã xảy ra dịch bệnh trong thời gian trước đó. Ðồng thời, tập trung tuyên truyền, vận động người dân từ bỏ chăn thả rông, thực hiện nuôi nhốt, chăn nuôi an toàn sinh học nhằm hạn chế lây lan dịch bệnh; sử dụng giống có năng suất, chất lượng cao, chủ động phòng chống dịch bệnh.
Ðến nay, toàn tỉnh có trên 300 trang trại chăn nuôi hỗn hợp trâu, bò, lợn, dê; trong đó có gần 290 trang trại quy mô nhỏ, 18 trang trại quy mô vừa. Nhiều mô hình chăn nuôi an toàn sinh học được triển khai. Ðiển hình, năm 2022 Trung tâm Dịch vụ nông nghiệp huyện Tuần Giáo đã triển khai mô hình nuôi gà J-DABACO trên đệm lót sinh học. Ban đầu mô hình được thực hiện tại 15 hộ dân xã Quài Nưa và Quài Cang (trung bình mỗi hộ 100 con). Ðến nay, mô hình được người dân nhiều xã trên địa bàn huyện nhân rộng đem lại hiệu quả kinh tế cao hơn nhiều so với nuôi truyền thống. Mô hình nuôi gà J-DABACO trên đệm lót sinh học còn góp phần làm thay đổi nhận thức người dân từ chăn nuôi thả vườn sang chăn nuôi bán chăn thả, nuôi nhốt hạn chế được ô nhiễm môi trường, hạn chế dịch bệnh.
Với các biện pháp tăng đàn, tái đàn, chuyển đổi cơ cấu vật nuôi hợp lý và chủ động phòng, chống dịch bệnh, tình hình chăn nuôi gia súc, gia cầm trên địa bàn tỉnh phát triển tương đối ổn định. Tổng đàn gia súc (trâu, bò, lợn) trên địa bàn tỉnh ước 9 tháng đầu năm đạt 551.657 con (tăng 2,48% so với cùng kỳ năm trước). Trong đó, đàn trâu ước đạt 137.470 con (tăng 1,47%), đàn bò ước đạt 99.509 con (tăng 4,02%), đàn lợn ước đạt 314.678 con (tăng 2,44%); đàn gia cầm ước đạt 4,771 triệu con (tăng 2,52%); diện tích nuôi trồng thủy sản đạt 2.739ha (tăng 0,32%) với tổng sản lượng ước đạt 3.110,26 tấn (tăng 3,44%).