Hiện nay, Khu bảo tồn thiên nhiên Mường Nhé có diện tích 46.730.51ha rừng và đất lâm nghiệp, thuộc 5 xã biên giới huyện Mường Nhé: Sín Thầu, Nậm Kè, Mường Nhé, Chung Chải, Leng Su Sìn. Khu bảo tồn có ý nghĩa quan trọng, trong bảo vệ đa dạng sinh học các loài động thực vật.
Khu BTTN hiện còn nhiều cánh rừng nguyên sinh: rừng thường xanh trên đất thấp, rừng thường xanh núi thấp, rừng thường xanh trên núi cao và rừng tre nứa được bảo tồn nguyên vẹn và là nơi trú ngụ của nhiều loại động vật hoang dã, quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng. Với mục tiêu bảo tồn các loài thú lớn và các hệ sinh thái rừng đặc trưng cho vùng núi cao Tây Bắc, KBTTN Mường Nhé được đánh giá có tính đa dạng sinh học cao và hệ sinh thái rừng phong phú.
Ông Diệp Văn Chính, Giám đốc Khu BTTN Mường Nhé, cho biết: Công tác bảo tồn đa dạng sinh học là giải pháp quan trọng trong quản lý, bảo vệ động, thực vật hoang dã. Để bảo vệ tính đa dạng sinh học động – thực vật, thời gian qua, lực lượng Ban quản lý KBTTN Mường Nhé chủ động tuần tra, kiểm soát những khu vực trọng điểm về tình trạng phá rừng khai thác lâm sản, săn bắt động vật hoang dã; Xử lý nghiêm các vụ vi phạm về quản lý, bảo vệ rừng.
Trong năm qua, Ban Quản lý KBTTN Mường Nhé đã phối hợp với lực lượng kiểm lâm trên địa bàn tỉnh, tái thả 19 cá thể gồm 13 cá thể Don (Atherurusmacrourus); 04 cá thể Cầy vòi mốc (Paguma larvata); 01 cá thể Mèo rừng (Prionailurus bengalensis) và 01 cá thể Nhím (Hystrix brachyura): Các cá thể Cầy Vòi mốc và Mèo rừng đều là loài động vật rừng nguy cấp, quý, hiếm thuộc nhóm IIB theo quy định tại Nghị định 06/2019/NĐ–CP ngày 22/ 01/2019 của Chính phủ.
Hiện nay, KBTTN Mường Nhé đã trở thành nơi cư trú của hơn 290 loài động vật, trong đó 55 loài động vật đặc hữu, 45 loài có tên trong sách đỏ Việt Nam như: Gấu ngựa, gấu chó, vượn bạc má, voọc xám, các loài khỉ… Cùng với đó là hệ thực vật đa dạng, được phân bố trên nhiều sinh cảnh khác nhau với khoảng 740 loài; trong đó 35 loài thực vật quý hiếm, 29 loài có tên trong sách đỏ Việt Nam và sách đỏ thế giới.
Vì vậy, KBTTN Mường Nhé được đánh giá là nơi có tính đa dạng sinh học nhất, nhì vùng Tây Bắc, thu hút nhiều nhà khoa học đến nghiên cứu. Năm qua KBT có 05 đoàn nghiên cứu của viện sinh thái và Tài nguyên sinh vật thuộc Viện Hàn Lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam; Viện Sinh thái và Bảo vệ công trình đến KBTTN Mường Nhé thực hiện công tác điều tra thu thập mẫu vật phục vụ công tác nghiên cứu.
Theo đó, kết quả thu thập được 235 mẫu rêu, 101 số hiệu tiêu bản thực vật, 46 mẫu tiêu bản Lan (20 số hiệu) và 50 mẫu tiêu bản các loài thực vật có hoa khác (25 số hiệu); 98 cá thể Dơi thuộc về 21 loài và 4 họ; mẫu của 35 nhóm động vật không xương sống; 125 mẫu mối, phân tích sơ bộ đã xác định được 36 loài thuộc 19 giống, 6 phân họ, 3 họ mối để phục vụ công tác nghiên cứu khoa học.
Thời gian tới, Ban Quản lý KBT sẽ đẩy mạnh công tác tuyên truyền nâng cao nhận thức, ý thức bảo vệ rừng và bảo vệ đa dạng sinh học cho người dân sống trong vùng đệm KBT, ứng dụng công nghệ thông tin và GIS vào công tác điều tra, giám sát ĐDSH. Bên cạnh đó, có chính sách phù hợp thu hút sự đầu tư hỗ trợ từ các tổ chức, cá nhân thực hiện chương trình dự án nghiên cứu khoa học tại KBT đặc biệt là các đề tài dự án bảo tồn các loài động, thực vật quý hiếm, có giá trị bảo tồn cao.