Theo Quyết định số 1280/QĐ-TTg, Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà làm Chủ tịch Ủy ban.
Ủy ban là tổ chức phối hợp liên ngành có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo thống nhất, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành liên quan đến phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam. Chủ tịch sử dụng con dấu của Thủ tướng Chính phủ, các Phó Chủ tịch sử dụng con dấu của bộ nơi công tác. Trường hợp khi được Chủ tịch ủy quyền để thực hiện các nhiệm vụ của Ủy ban, các Phó Chủ tịch được sử dụng con dấu của Thủ tướng Chính phủ; Văn phòng cơ quan thường trực sử dụng con dấu của Cục Biển và Hải đảo Việt Nam.
Cơ quan thường trực của Ủy ban (Bộ Tài nguyên và Môi trường) có Văn phòng giúp việc đặt tại Cục Biển và Hải đảo Việt Nam. Văn phòng cơ quan thường trực là cơ quan giúp việc cho Ủy ban, làm việc theo chế độ kiêm nhiệm.
Văn phòng cơ quan thường trực gồm: Chánh Văn phòng là Cục trưởng Cục Biển và Hải đảo Việt Nam, 01 Phó Chánh Văn phòng và các thành viên giúp việc, làm việc theo chế độ kiêm nhiệm.
Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Văn phòng do Phó Chủ tịch thường trực Ủy ban – Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định.
