Công Phượng có trận đấu thứ hai được Yokohama FC đăng ký từ đầu mùa trong cuộc chiến với Nagoya Grampus ở cúp Liên đoàn Nhật Bản. Dù vậy, khác với lần trước, Công Phượng đã được ra sân cho CLB Nhật Bản.
Dù vậy, phải chờ tới phút bù giờ thứ ba, Công Phượng mới được tung vào sân thay thế Tatsuya Hasegawa. Tuy nhiên, với quãng thời gian thi đấu ít ỏi, tiền đạo người Việt Nam không thể hiện được gì. Sau 90 phút thi đấu, Yokohama FC đã chịu thua trước đối thủ với tỷ số 2-3.
Ở trận đấu này, Yokohama FC đã có sự khởi đầu tốt. Phút 27, họ có bàn thắng tuyệt đẹp do công của Takumi Nakamura sau pha dứt điểm từ xa. Chưa hết, tới phút 42, Yokohama FC đã nâng tỷ số lên 2-0 do công của Sho Ito.
Dù dẫn trước 2-0 nhưng Yokohama FC không thể giữ được thành quả này. Phút 45, thủ môn Svend Brodersen phạm lỗi với tiền đạo Noriyoshi Sakai trong pha tranh chấp trên không, khiến Yokohama FC chịu phạt đền. Trên chấm 11 mét, chính Sakai đã ghi bàn rút ngắn tỷ số cho Nagoya Grampus.
Sang hiệp 2, Nagoya Grampus tạo ra sức ép lớn lên khung thành của Yokohama FC. Phút 78, Kensuke Nagai đã san bằng tỷ số 2-2 cho Nagoya Grampus. Tới phút bù giờ, Noriyoshi Sakai đã ấn định chiến thắng 3-2, hoàn tất cú lội ngược dòng cho đội chủ nhà.
Dù Công Phượng chỉ xuất hiện ba phút trên sân nhưng nó cũng có ý nghĩa lớn với tiền đạo người Việt Nam. Nó giúp anh tự tin hơn ở chặng đường phía trước.
Yokohama FC thi đấu rất tệ ở mùa giải này. Họ chỉ giành 2 điểm sau 6 trận đấu ở giải vô địch quốc gia Nhật Bản. Còn ở cúp Liên đoàn Nhật Bản, đội bóng của Công Phượng toàn thua cả ba trận.