Cuối thế kỷ 18, sông Bến Nghé có bến sông gần thành Gia Định (thành Bát Quái) nên gọi là bến Thành. Khu chợ sát đó (sát sông, đầu đường Nguyễn Huệ và Hàm Nghi bây giờ) cũng được gọi là chợ Bến Thành. Năm 1859, Pháp chiếm thành Gia Định. Hai ngày sau, chợ bị đốt. Năm 1860, chợ Bến Thành được xây lại bằng cột gạch, sườn gỗ, lợp lá lùi sâu trong kênh Chợ Vải (nay là đường Nguyễn Huệ) chứ không nằm bên bến sông như ngôi chợ cũ. Vì chợ Bến Thành xuống cấp, năm 1912, Pháp xây chợ Bến Thành mới tại vị trí hiện nay (thuộc Q.1, bốn mặt giáp bốn đường Lê Thánh Tôn, Phan Bội Châu, Phan Chu Trinh, Lê Lợi) với diện tích khoảng 13.000 m2. Lúc này, chợ Bến Thành được xác định là ngôi chợ trung tâm của Sài Gòn, thậm chí cả miền Nam khi bên hông chợ có hai bến xe đi miền Đông và miền Tây.
Chợ có 4 cửa chính và 12 cửa phụ xen kẽ. Cửa chính chợ Bến Thành là cửa Nam, phía trên có tháp đồng hồ (bên trong là văn phòng ban quản lý chợ, có trang thờ Thần chợ đáp ứng nhu cầu tâm linh của tiểu thương). Năm 1952, trên 4 cửa chính Đông, Tây, Nam, Bắc, mỗi cửa gắn 3 bức phù điêu gốm về sản vật miền Nam: nải chuối, cá đuối, bò, vịt xiêm…do họa sĩ Lê Văn Mậu cùng các nghệ nhân gốm xưởng mỹ nghệ Biên Hòa sáng và chế tác.
Chợ Bến Thành từng được nhiều tạp chí uy tín nước ngoài (USA Today, Food and Wine…) đánh giá là một trong những chợ có ẩm thực tuyệt vời nhất thế giới.