Chương trình có mục tiêu đến năm 2025, 40% bệnh viện (BV), trung tâm y tế huyện đảo có khả năng triển khai kỹ thuật ngoại khoa tương đương BV hạng 2; 70% trung tâm kiểm soát bệnh tật (CDC) tỉnh, thành, trung tâm y tế quận, huyện, thị xã, TP thuộc tỉnh, cơ sở y tế dự phòng quân đội tại các tỉnh có biển được đầu tư, nâng cấp bảo đảm thực hiện nhiệm vụ trên khu vực biển đảo; 70% tàu cá khai thác hải sản xa bờ được trang bị tủ thuốc và dụng cụ y tế theo quy định; 80% tàu vận tải biển – tàu viễn dương thực hiện đầy đủ các quy định quốc tế về bảo đảm y tế biển; 80% người dân vùng biển đảo được tuyên truyền, phổ biến kiến thức, huấn luyện kỹ năng dự phòng bảo vệ sức khỏe, kỹ năng tự sơ cấp cứu và vận chuyển người bị nạn đến các cơ sở cấp cứu vùng biển đảo.
Đến năm 2030, 70% BV, trung tâm y tế huyện đảo có khả năng triển khai kỹ thuật ngoại khoa tương đương BV hạng 2; 100% trung tâm kiểm soát bệnh tật, trung tâm y tế quận, huyện, thị xã, TP thuộc tỉnh, cơ sở y tế dự phòng quân đội tại các tỉnh có biển được đầu tư, nâng cấp bảo đảm thực hiện nhiệm vụ trên khu vực biển đảo; 70% tàu mặt nước thuộc Hải quân, Cảnh sát biển và Bộ đội Biên phòng được trang bị đồng bộ trang thiết bị y tế cho cấp cứu đầu tiên và thực hiện cứu hộ, cứu nạn trên biển; 100% tàu cá khai thác hải sản xa bờ được trang bị tủ thuốc và dụng cụ y tế theo quy định; 100% tàu vận tải biển – tàu viễn dương thực hiện đầy đủ các quy định quốc tế về bảo đảm y tế biển; 100% người dân vùng biển đảo được tuyên truyền, phổ biến kiến thức, huấn luyện kỹ năng dự phòng bảo vệ sức khỏe, kỹ năng tự sơ cấp cứu và vận chuyển người bị nạn đến các cơ sở cấp cứu vùng biển đảo.